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生物信息学和测序设施

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Ntino 劳埃德

导演:教授Konstantinos Krampis
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办公室:RM。467F灯丝研究大楼
电话:(212)396 - 6930
传真:(212)650 3565

主校区:劳埃德·威廉姆斯
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办公室:Rm 826环
电话:(212)650 3872

国家卫生研究院的标志 NIoMHHD

设施描述

背景概述
亨特学院188亚洲金博宝app188bet亚洲体育滚球专家/CTBR生物信息学资源位于贝尔弗研究大楼4楼,位于69街和约克大道。该设施为研究人员和教师提供了一个高性能的计算机集群,拥有大量的生物信息学软件和数据分析管道。该设施为卫生差距的转化和基础研究提供尖端生物信息学技术。我们还建立了一个基于Galaxy的网络生物信息学平台(http://galaxy.hunter.cuny.edu:8080),以支持基因组测序分析。188亚洲金博宝app
此外,该设施使用Illumina Miseq测序平台和使用牛津纳米孔碎肠序列序列序列的纳米孔测序提供illumina测序。这两种仪器都能够对许多动物,植物和微生物物种进行整个DNA或基因组进行测序,用于基本生物和医学研究。以下提供了我们的服务和可用设备的详细描述

服务

工作人员

  • RNASEQ和变异发现
  • 小分子rna序列
  • de novo细菌基因组
  • RNAseq分析
  • 有针对性的扩增子测序
  • 计算能力
  • 可伸缩的存储


生物信息学和测序资源和设备

Illumina Miseq. Illumina Miseq.
MiSeq桌面音序器:
允许近方聚焦的应用,例如靶向基因测序,偏见,偏心神经,小基因组和转录组测序,靶向基因表达和扩增子测序。
牛津纳米孔沟序列序列 牛津纳米孔沟序列序列
纳米孔(实时排序):
MinIon便携式测序仪:提供快速便携的实时测序平台,包括长reads全长转录本测序、单倍型测序、宏基因组测序和16S测序。
安捷伦科技,2100电泳生物分析仪 安捷伦科技,2100电泳生物分析仪
安捷伦2100生物分析仪是一个基于微流体的平台,在单一平台上提供DNA、RNA、蛋白质和细胞的大小、定量和质量控制
两种检测原理-电泳和流式细胞术
Galaxy Web可访问的生物信息化平台 Galaxy Web可访问的生物信息化平台
我们正在运行一个银河的装置。一个基于web的数据密集型生物医学研究平台
http://galaxy.188亚洲金博宝apphunter.cuny.edu:8080
高性能计算机集群 硅机械,HPC集群系统
高性能计算集群提供800个CPU核、3TB高速内存、1个GPU可视化节点、1个银河节点、1个Docker虚拟化节点、750 tb可扩展存储。使用Bright Cluster Manager管理和监控系统。SLURM用于作业调度。安装的软件包括Visual Omics Explorer(内部开发的生物信息学软件)和Blast2GO,一个高质量的基因组数据功能注释和分析的生物信息学平台。该集群还托管一个Docker节点用于虚拟化。
  • 冗余头节点,12个CPU核,64gb内存
  • 10个计算节点,每个20个CPU核,128gb内存
  • 1中内存节点,32个CPU核,512mb内存
  • 1个高内存节点,32个CPU核心,1个Terabyte RAM
  • 1 GPU节点,K80,2 CPU超线程/ 128 GB RA
希捷光泽CS1500 希捷光泽CS1500
ClusterStor 1500解决方案具有缩放存储构件块,Lustre®PartentFileSystem和全面的管理平台。ClusterStor系统提供TB的超高速数据存储
  • 362TB的并行存储
  • 5GB / s吞吐量
  • 希捷企业光泽
  • 基于并行存储
贝尔弗E-Box 贝尔弗E-Box
Belfer E-box为数据备份和项目存档提供存储。
  • 200TB的高可用性存储
  • 5GB / s吞吐量

向集群提交任务操作步骤

Slurm,Work Load Manager
使用Slurm,我们的作业管理平台,必须将作业提交给群集。可以使用我们的包管理器使用Conda加载Vitual环境。激活环境后,确保您的应用程序可用,您只需请求SRUN或SBATPT。按照以下步骤使用Slurm
获取分配给您的计算节点:

[用户名@ ctbr-cluster-hn1 env] $ salloc
salloc:授予作业分配

Salloc请求资源形成群集。上面示例中的数字48是提供给您的分配n。您可以直接向您的分配提交工作或运行批处理脚本。使用命令srun提交作业,该命令将使用分配的资源。对于这个例子,我们将使用bowtie2。

Srun Bowtie2 -X Bowtie_2 / HG38 -1 rnaseq_sample_dat6a / adrenal_1.fastq -2 rnaseq_sample_data / adrenal_2.fastq -s对齐.sam

srun =将作业定向到由salloc分配的计算节点。
bowtie2 =虚拟环境中最近激活的主要二进制文件。
bowtie_2 / hg38 =这是参考人类基因组
rnaseq_sample_data / adrenal_1.fastq =第一个输入股
rnaseq_sample_data / adrenal_2.fastq =第二个输入股
对齐。sam =输出文件将放置在当前目录下

可以通过点击获得使用公共节和浆料的指南这里

生物信息学和测序资源由国家卫生研究院的国家少数民族健康和健康差异研究所(MD007599)资助的少数民族机构研究中心项目支持。

最后更新(2020年4月1日星期三18:28)